Gustavo Pittaluga, eminente hematólogo de sólida formación humanística, en 1942 encontró refugio definitivo en Cuba y fue de los pocos republicanos españoles profesionales que, venciendo múltiples dificultades, se hizo de un sitio en la Universidad de La Habana. Fue autor de un acertado libro, Diálogos sobre el destino, en general acogido por los intelectuales cubanos como estimulante para el debate nacional. Rafael Rojas se extiende sobre algunas de las ideas centrales de la obra: el tema de la cuestión racial como factor de destino y la necesidad de la isla de crearse una conciencia de destino como nación. En palabras de Pittaluga (1969, p. 39): «Cuba era un pueblo que ha querido crear una nación. Que es capaz de crearla. Pero que no lo ha logrado todavía. Y no la ha creado todavía porque el signo específico de una nación consiste en tener conciencia de su destino. Y Cuba no tiene conciencia de su destino». Esta última idea de insuficiencia y frustración quizás se acerca a la frase de Zambrano sobre sus amigos origenistas en «La Cuba secreta»: «¿Será que Cuba no haya nacido todavía y viva a solas tendida en su pura realidad solitaria? Los Diez poetas cubanos nos dicen de manera diferente la misma cosa: que la isla dormida comienza a despertar como han despertado un día todas las tierras que han sido después historia» (Zambrano, 2017, p. 93). Bien relacionado con las autoridades académicas, fue para Zambrano un amigo y oportuno protector en sus empeños por establecerse profesionalmente, pero, sobre todo, le ofreció, hasta el regreso de ella a Europa, el reposo sentimental íntimo del que estaba angustiosamente necesitada. Hasta su muerte, en 1956, Pittaluga continuó protegiéndola, insistiendo en que enviara colaboraciones a las revistas cubanas que las pagaban para aliviar sus necesidades económicas en Europa.

Invitado por José Rodríguez Feo para dar varias conferencias, la visita a La Habana de Luis Cernuda entre noviembre de 1951 y febrero del siguiente año devolvió a Zambrano la emotiva amistad, comenzada en los años treinta, con el poeta, cuya obra llegó a considerar «la más alta y pura de la poesía española actual». Los unía el recuerdo de un sentimiento común de entusiasmo inteligente y creador desde los años –pocos– de la revista Hora de España y de las jornadas de las Misiones Pedagógicas por algunos pueblos oprimidos de España. En la modesta casa donde María vivía con su hermana Araceli pasaron numerosas tardes alimentando la memoria y abriéndose a largas conversaciones sobre los más variados temas y a lecturas mutuas. Todo ello a pesar del carácter reservado del poeta. Y como ella más tarde recordaría: «Yo tuve la fortuna de que al final te sintieras a tu aire, junto con mi hermana y conmigo, en aquella Habana llena de misterio». Al respecto, escribiría que «fueron felices en La Habana».

Durante esta larga estancia en Cuba, Zambrano expandiría su amistad hacia el grupo de poetas imantados en torno a la revista Orígenes por la poderosa atracción de Lezama Lima. Los origenistas –poetas, artistas plásticos, músicos– constituyeron para María el núcleo afectivo central de aquellos años, al tiempo que su pensamiento iluminaba con fervor misional un modo de pensar y de sentir –poesía y filosofía– en los jóvenes origenistas, que la seguían en sus conferencias y clases, así como en los coloquios que compartían. Con motivo de la publicación de la antología de Cintio Vitier Diez poetas cubanos (1948), María escribe «La Cuba secreta», un ensayo que es una revelación confesional del «apego» hacia esa «patria prenatal»: «Y así, sentí a Cuba poéticamente, no como cualidad sino como substancia misma. Cuba: substancia poética visible ya. Cuba: mi secreto» (Zambrano, 2017, p. 93). A la vez, más que reseña, realiza una detenida exégesis de la razón poética de cada uno de los poetas antologados. La relevancia que tuvo la trascendencia de aquella extraña mirada suya en la conformación y el destino del grupo bien puede resumirse en la expresión de Cintio Vitier al calificar «La Cuba secreta» como «el descubrimiento ontológico de Cuba». Al respecto, en carta a Rodríguez Feo (1989, p. 116), Lezama expresa este curioso comentario: «El último Orígenes trae el ensayo de M. Zambrano “La Cuba secreta”. El artículo ha traído cierto fermento. Las gentes se ponen furiosas cuando alguien me elogia y, ¡claro!, yo no les voy a decir que no lo hagan para que la chusma se contente».

En 1946, avisada de la gravedad de su madre, María regresa a París para encontrar que ya ha fallecido. Se reencuentra con su hermana Araceli y no se separarán hasta la muerte de esta en 1972. Octavio Paz, amigo desde los días de Valencia, las acoge en la Embajada de México en París. Inicia su amistad con Picasso, René Char, Camus y Artaud. Tras el divorcio formal de Alfonso Rodríguez Aldave, las hermanas viajarán a La Habana en 1948, donde se instalarán en una modesta vivienda. Escribe a su amigo Rafael Dieste: «No sabes lo mal que vivo y lo bien que estoy» (en Moreno Sanz, 2014, p. 56), resumen de sus dificultades económicas y de la felicidad por regresar a su patria prenatal, acogida por sus queridos amigos cubanos y estimulada –aunque fatigada– por los que la reclaman para dictar nuevas conferencias. Con todo, cuenta de nuevo con la ayuda de sus amigas Josefina Tarafa y Lydia Cabrera.

Por esos años, Gastón Baquero, entonces redactor jefe del conservador Diario de la Marina, advertido por las amigas de María Zambrano de su necesidad económica, en nombre del presidente de la empresa editora, Jorge Barroso, le ofrece las páginas del diario para que envíe cuantas colaboraciones quiera y sobre los temas que escoja. Baquero recoge la respuesta de María: «Gastón, comprenda que yo no puedo escribir en ese periódico. Agradézcale en mi nombre a su amigo, pero comprenda que me es imposible, absolutamente imposible». Y a continuación añade: «Esto es grandeza moral. Esto es tener un sentido heroico de la dignidad y de la coherencia ética, de conciencia. María respetaba su ideología política como respetaba el saber filosófico y respetaba la docencia. Colmó su elegancia despidiéndome ese día más cariñosamente que nunca. Fue en aquella ocasión, inolvidable como un texto filosófico de María Zambrano cuando al despedirme me besó en la frente» (Baquero, 2014, p. 414).

Por su parte, Jorge Mañach tejió una estrecha amistad profesional con María Zambrano, y en su condición de profesor titular de Historia de la Filosofía, y fundador y director del programa radiofónico la Universidad del aire, coloquios semanales –de domingo– cuyos propósitos eran la difusión de la cultura y el debate «con espíritu fraterno en un noble afán de claridad y de superación» de las corrientes del pensamiento en el mundo actual. Al programa se invitaban figuras intelectuales cubanas y extranjeras, y María dio conferencias en su  primera etapa y participó en la segunda, comenzada en 1949, abordando diversos temas de carácter filosófico: «La crisis de la cultura de Occidente», «De Unamuno a Ortega y Gasset», «Ideas y problemas de nuestro tiempo», «Quevedo y la conciencia en España», «El sembrador Rousseau» y «El nacimiento de la conciencia histórica». Estas ponencias fueron recogidas en los Cuadernos de la Universidad del Aire.

En julio de 1949 regresaron a Europa, alentada María por reanudar en Italia su estudio sobre filosofía y cristianismo, que culminaría en el libro El hombre y lo divino (1955), un texto que en 1951 René Char y Albert Camus quisieron publicar en Gallimard bajo el título de La ausencia, aunque sin éxito. Previamente había publicado Hacia un saber sobre el alma (1950). Conoció a Cioran, compartían el respeto por Simone Weil.

De nuevo regresan a Cuba en abril de 1951. Según escribe desde París a Josefina Tarafa un mes antes de su partida, tiene que volver por dos razones, una económica y la otra, la necesidad de regresar a esa patria prenatal por vocación y destino: «[…] Parte de mi vida y de mi corazón están unidos a América y concretamente a un país, más que a ningún otro, que se llama Cuba. La idea de que yo me despidiese de ella definitivamente me es insoportable y aunque tuviera millones, no lo haría, no podría renunciar a volver a ella, incluso enseñar, sí, a enseñar a esas gentes que me han oído con lo mejor de su alma, con toda su atención, que me han ofrecido lo mejor que tenían y que han hecho surgir lo mejor que yo tenía para ofrecérselo: estoy ligada a él» (en Dosil, 2010, p. 156).

En La Habana, María Zambrano ofrece numerosas conferencias en las instituciones a las que había sido invitada en viajes anteriores –el Lyceum Lawn Tennis Club, el aula magna y la Escuela de Verano de la Universidad de La Habana– y, de nuevo llamada por Jorge Mañach, recupera sus colaboraciones en la Universidad del aire. Escribe una decena de artículos para revistas culturales locales; entre ellos, dos en Orígenes y el primero de once que entregaría a la influyente Bohemia. Algunos de estos textos, como sucedió con una buena parte de sus artículos, cursos y conferencias concebidos en Cuba, serían anticipos, fermentos de parte de la obra que completaría en Europa. Con su hermana, se instala entonces en el edificio López Serrano, en El Vedado, frente al mar azul, mirando a la bahía. Aquí compartiría con Cernuda horas de remembranzas en 1951, circunstancia que favorecería, por mediación del poeta, la aparición del ensayo «Dos fragmentos sobre el amor» en la revista Ínsula, primer texto que Zambrano publica en España desde el exilio.