Por si todo ello fuera poco, la derrota de la República en abril de 1939 generó un aluvión de solicitudes, todas eran urgentes, para las que no se daba abasto –muchos de los solicitantes huían de los campos de concentración en los que fueron recluidos en Francia al salir de España–. Reyes y Cosío vivieron esos meses con una sensación de permanente desbordamiento. Fue entonces, al terminar la Guerra Civil, cuando se integraron en La Casa el secretario particular de Manuel Azaña, Juan José Domenchina, el sociólogo José Medina Echavarría y el filósofo Joaquín Xirau, que tan destacada labor ejercerían en diferentes ámbitos académicos, intelectuales y editoriales en México en las siguientes décadas. Así, en el verano de 1939, los residentes se habían duplicado, llegando a la cuarentena. Entre ellos se encontraban el entomólogo Ignacio Bolívar, el biólogo Fernando de Buen o el expresidente del Consejo de Ministros durante los primeros compases de la Guerra Civil, el químico José Giral. Pronto fue, sencilla y literalmente, imposible integrar a nadie más en La Casa.
Reyes y Cosío trataron entonces de buscar acomodo a los españoles en otras instituciones mexicanas, como, por ejemplo, a los médicos en el sistema hospitalario nacional. Con todo, aquellos dos beneméritos hombres y sus más inmediatos colaboradores tuvieron que multiplicarse con extrema generosidad en unas labores burocráticas extenuantes para facilitar la acogida –fuera en donde fuera– de aquellos españoles que salían entonces de su patria, ayudándoles con sus visados y procurando que, además de un techo donde dormir, tuvieran algún tipo de ocupación que les garantizara algún ingreso. Por si eso no fuera suficiente ocupación para cualquier persona, ambos lograron no interrumpir su obra intelectual: mientras Cosío se empeñaba en sacar adelante el FCE, Reyes trabajó entonces en varios libros –como Capítulos de literatura española (primera y segunda serie), Páginas de historia, Los siete sobre Deva, Pasado inmediato o Entre el norte y el sur, obras todas a las que se consagró en estos años de 1939 y 1940 y que se encontraban en diferentes estadíos de producción–, así como en artículos para periódicos y revistas o en el prólogo que puso al celebradísimo libro de Justo Sierra Evolución política del pueblo mexicano (Garciadiego, 2015, pp. 46-49).
Preocupados sobremanera por cuestiones formales y sustanciales españolas y mexicanas, Alfonso Reyes y Daniel Cosío Villegas impulsaron la transformación de La Casa de España en El Colegio de México ya desde los últimos meses de 1939. Fue con el estallido de la Segunda Guerra Mundial, en septiembre de ese año, cuando la situación de La Casa se hizo insostenible. La avalancha de exiliados, las presiones académicas y políticas y la inminente salida del palacio presidencial de Lázaro Cárdenas hacían imprescindible el cambio de estatus jurídico de la misma. Si en España el triunfo de Franco en la Guerra Civil y el estallido de la Segunda Guerra Mundial anunciaban la prolongación de una dictadura de corte fascista –al menos durante los años del conflicto mundial–, en México se avecinaba el final de la Administración cardenista y La Casa de España adolecía de una evidente fragilidad institucional, pues, por su propio origen, dependía de quien ejerciera la presidencia de la República y no disponía de recursos ni sede propia, lo que, ante la llegada del nuevo sexenio, la colocaba en una evidente situación de inestable incertidumbre. Así, ante la evidencia de un exilio que se prolongaría más en el tiempo que lo inicialmente previsto cuando se diseñó La Casa, su refundación en Colmex en octubre de 1940 tenía por fin último «concederle autonomía de acción y vincularla lo más íntimamente a los intereses nacionales dando cabida a elementos de nuestro país» (Archivo Histórico del Colegio de México, Daniel Cosío Villegas, Fondo incorporado, c. 4, exp. 1, f. 4, en Valero, 2015, p. 14).
Cuando Reyes y Cosío se convencieron de la necesidad de transformar La Casa en Colmex trataron, claro está, de proteger la institución. En este sentido, la elección del nuevo nombre, El Colegio de México, tampoco fue banal. Con su «nacionalización» buscaban, igualmente, salir del ala protectora del presidente de la República y fortalecer la institucionalización de aquel centro de estudios superiores humanísticos y de ciencias sociales con un perfil exclusivamente académico y no marcadamente político –como había sucedido hasta entonces con La Casa de España–. Así, la aparición del Colmex buscó dotar a la institución de una «mayor eficiencia respecto a nuestro país, [una] mayor elasticidad administrativa y posibilidades nuevas de acudir al servicio de los mexicanos, así como de otros extranjeros no españoles que interesaran a nuestros fines. [Por eso] convenía también darle un nuevo nombre, El Colegio de México, que correspondiera a estos fines y evitara confusiones con el mero refugio político que había sido en sus orígenes» (Informe de Alfonso Reyes sobre la Casa de España, Archivo Histórico Colegio de México, Alfonso Reyes, c. 4., exp. 16, ff. 1-3, en Valero 2015, p. 16).
Se marchaba así La Casa de España, una institución de vida efímera pero que, tal y como ha señalado Javier Garciadiego (2015, p. 53), dejó cuatro lecciones imborrables: «Que una institución es tanto más valiosa cuanto más rigor e imaginación acierte [a volcar en] su proyecto originario; que la calidad de las instituciones no está relacionada con su magnitud ni con su riqueza; que es imprescindible hacer los cambios que se vayan requiriendo, y que, cuando se conjugan la inteligencia, la disciplina y una vocación clara y firme, no hay obstáculo que las venza».
El Colmex quedó formalmente constituido al finalizar el verano de 1940, apenas dos meses antes de que Lázaro Cárdenas abandonara el palacio presidencial. Ubicado primero en Pánuco 63, colonia Cuauhtémoc, y más tarde en Sevilla 30, en la colonia Juárez, tuvo desde el primer momento como razón de ser tratar de garantizar que sus miembros tuvieran el trabajo académico per se como dedicación profesional exclusiva, algo en lo que, como hemos señalado, fue pionero en el país. Con instalaciones propias e integrado en el sistema educativo nacional como centro de educación superior, sus dificultades en estos primeros años fueron, sobre todo, económicas. Superada la dependencia de la presidencia de la República, en adelante, lograr recursos para poder dotar plazas con las que sus miembros pudieran dedicarse en exclusiva a la docencia e investigación científica resultaba una quimera que la acción y determinación de Reyes y Cosío lograron alcanzar superando innumerables dificultades y quebraderos de cabeza. Así, fue habitual en esos primeros años del Colmex ver comprometida su viabilidad económica por la cortedad de miras de responsables políticos que restringían la ayuda estatal y que no comprendían la naturaleza e importancia de la institución. La situación fue tan volátil que llevó a Reyes y Cosío a tratar de asegurar el presupuesto con consignaciones nominativas por parte del gobierno y con patrocinios de fundaciones extranjeras, sobre todo norteamericanas. Además, el Colmex integraría junto a los propios del país, a profesores y alumnos de todo el orbe buscando enriquecer con ello la impronta exclusivamente española que había tenido La Casa durante sus dos años de existencia. Esa época de incertidumbre en su institucionalización duró, al menos, toda la década del cuarenta (Lida, Matesanz, Zoraida, 2000, pp. 119-311).
Los dos protagonistas de esta historia, Reyes y Cosío, compartieron así desvelos ante las extenuantes labores administrativas que conllevó la puesta en marcha de estas dos instituciones. La labor de dirección de La Casa, primero, y del Colmex, después, les obligó no solo a emplearse a fondo con la Administración mexicana para garantizar la subsistencia de ambas empresas, sino con los propios exiliados españoles. Estos, además de tener en no pocas ocasiones dificultades de adaptación, también discutían con frecuencia en relación con lo sucedido en España, lo que llevó a desesperar a Reyes quien llegó a escribir en su diario que «¡con razón perdieron la República!» (registro del 16 de octubre de 1940, en Garciadiego, 2015, p. 41). Las incomprensiones no fueron pocas y algunas resultaron muy dolorosas (especialmente significativo para lo que aquí nos ocupa fue el desencuentro, como se dijo, entre Ortega y Reyes consecuencia de unas declaraciones de este último acerca del silencio público del filósofo durante la Guerra Civil, algo que Ortega no llegó a perdonar).
Mientras, en su relación con los exiliados, Reyes y Cosío se repartieron, en cierta manera, los papeles: el primero, gracias a sus habilidades diplomáticas y a su finura en el trato, ejercía el papel de comprensivo; el segundo, mucho más adusto y encargado de la administración pura de la institución, hacía el papel de hombre malo. Auspiciador y patrono secretario de La Casa y del nuevo Colmex –así como director del FCE hasta 1948–, como gestor, a Cosío le tocó la difícil tarea de mostrar la puerta de salida a algunos de los exiliados que, al cambiar el estatus de La Casa de España por el del Colmex, hubieron de desvincularse del mismo. Las dificultades económicas conllevaron sacrificios científicos, pues se hubieron de dejar de lado aquellas disciplinas que requerían una mayor inversión, como la física, la farmacia o las ciencias biomédicas, prescindiéndose así de algunos de los exiliados españoles, que, por otra parte, rápidamente lograron desarrollar sus servicios profesionales en otras instituciones académicas mexicanas, como, por ejemplo, el excelente psiquiatra Gonzalo Rodríguez Lafora. También fue Cosío el encargado de exponer a Reyes y a cuantas personas con responsabilidades hubo de enfrentarse la realidad de la insostenibilidad de la empresa para buscar una solución a sus siempre apremiantes problemas económicos. Así pues, a golpe de realismo y pragmatismo, los hacedores del Colmex fueron esculpiendo con firmeza la identidad de esta institución que, en las décadas siguientes, obtendría merecido prestigio impulsando el cultivo preferente de las humanidades y las ciencias sociales entre sus disciplinas.